Nuestra historia:
Guatajiagua de origen Lenca Potón, significa en Potón "Valle con cultivos de tabaco", sin embargo, en la actualidad ya no se cultiva tabaco; en Lenca significa "Lugar de Aguas y Culebras". Su etimología proviene de las voces gua: tabaco; ta: cultivo, y yagua: valle extenso. Es una comunidad auténticamente Lenca Potona. A mediados del siglo XVI este pueblo aborigen tenía 500 habitantes. En 1770, figura como pueblo añejo del curato de Gotera y en 1786, entró en la jurisdicción del partido de Gotera. Por Ley de 2 de Mayo de 1842, se acordó incorporar el pueblo de Guatajiagua, en lo judicial, al distrito de San Miguel, segregándolo del de Gotera, debido a que la sede del Juzgado 1º de Instancia de este distrito se había trasladado al pueblo de San Antonio del Sauce.
Perteneció de 1842 (12 de Junio) a 1875 (14 de julio) al Departamento de San Miguel. A partir de esta última fecha ha sido municipio del Departamento de Morazán (Antes Gotera). Durante la presidencia del Señor Pedro José Escalón y con fecha 7 de abril de 1905, la Asamblea Nacional Legislativa otorgó al pueblo de Guatajiagua el título de villa. Ahora, se erige como ciudad. Por otra parte, el Licenciado Salvador Amaya amplió la historia de Guatajiagua desde la época colonial, "…aquí fue un asentamiento que fue dirigido por don Santiago Guatajiagua, quien se ubico en un cantón llamado El Maguey, posteriormente en una batalla se radicó en el centro del área urbana, que hoy es la ciudad de Guatajiagua desde 1928,… la iglesia colonial fue construida en 1873 y es por eso que se está tratando de proteger como una zona de patrimonio cultural".
En cuanto al periodo de Guerra sufrido en el país durante los años de 1979 a 1992, está última corresponde a la firma de los Acuerdos de Paz; el Licenciado Amaya afirma que el municipio fue una de las zonas más afectadas: "…Guatajiagua si fue afectado por el conflicto armado de los 12 años de guerra que vivió nuestro país, donde teníamos que vivir las inclemencias de los operativos de la fuerza armada y los operativos del FMLN, donde unos entraban otros salían, en los cuales habían fuego cruzado donde fallecieron algunos hermanos de Guatajiagua como consecuencia de la guerra; lo cual dañó en gran medida en la estabilidad de algunos hermanos en Guatajiagua, unos de ellos no aguantaron el conflicto y emigraron tanto a Estados Unidos como a las grandes cabeceras: San Miguel, San Salvador y otros.
Ésta etapa fue superada, pues hubo presencia de unidades de la ONUSAL, capacitaciones, concientización, desmovilización de los grupos armados que existían en algunos cantones de este municipio y el fortalecimiento espiritual; así es como hemos logrado tener cierta armonía" Actualmente, el municipio es uno de los lugares más tranquilos del Departamento de Morazán, a criterio del señor Alcalde, donde el fallecimiento de sus habitantes se debe a causas naturales o por accidentes y no por armas de fuego o muertes violentas.
